中心眼科专业齐全，中心属下的眼科医院有12个专业科室（角膜病、青光眼、眼底外科、白内障、眼肿瘤和眼眶病、眼底内科、眼整形、眼外伤、眼肌屈光、中医眼科、神经眼科、准分子激光）和12个辅助科室；眼科研究所有11个专业实验室（病理、眼眶病与眼肿瘤、生化、白内障、遗传分子生物学、视觉科学、视觉生理、玻璃体视网膜病、免疫、药理、眼库），开设黄斑病、小儿遗传眼病、葡萄膜炎病、隐形眼镜等临床专科；眼科视光学系设有5个实验室（应用光学实验室、隐形眼镜实验室、眼镜光学实验室、近视眼实验室、临床视光学实验室）；该中心属下还设有防盲治盲办公室。角膜病专科被列为广东省“五个一科教兴医工程”重点专科、眼库与角膜移植实验室被列为广东省“五个一科教兴医工程”重点实验室。角膜病和白内障专科被列为广东省医学重点专科。每个专科已形成了自己的医疗和科研特色。角膜移植、准分子激光角膜屈光矫正手术、角膜形态学、白内障的手术治疗、葡萄膜视网膜炎发病机制系列研究、青光眼和视网膜玻璃体疾病的诊治居国内领先地位，部分领域达国际先进水平。

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